ความแตกต่างระหว่าง Blast และ Fasta
Blast and Fasta
Blast and Fasta เป็นซอฟต์แวร์สองตัวที่ใช้ในการเปรียบเทียบลำดับชีวภาพของดีเอ็นเออะมิโน กรด, โปรตีนและ nucleotides ของสายพันธุ์ที่แตกต่างกันและมองหาความคล้ายคลึงกัน อัลกอริทึมเหล่านี้ถูกเขียนขึ้นเพื่อรักษาความเร็วไว้เพราะเนื่องจากธนาคารข้อมูลของลำดับเหล่านี้พองตัวเมื่อ DNA ถูกแยกออกจากห้องปฏิบัติการโดยนักวิทยาศาสตร์ในช่วงกลางทศวรรษ 1980 มีความต้องการที่จะเปรียบเทียบและหายีนที่เหมือนกันสำหรับการวิจัยต่อไปด้วยความเร็วสูง Blast เป็นตัวย่อสำหรับเครื่องมือค้นหาพื้นฐานการจัดตำแหน่งท้องถิ่นและใช้วิธีการแบบท้องถิ่นในการเปรียบเทียบทั้งสองลำดับ Fasta เป็นซอฟต์แวร์ที่เรียกว่า Fast A โดย A หมายถึง All เนื่องจากใช้งานได้ดีกับตัวอักษร Fast A สำหรับการจัดลำดับดีเอ็นเอและ Fast P สำหรับโปรตีน ทั้ง Blast และ Fasta มีความรวดเร็วในการเปรียบเทียบฐานข้อมูลจีโนมใด ๆ ดังนั้นจึงสามารถใช้งานได้อย่างคุ้มค่าและประหยัดเวลา
ระเบิด
ซอฟต์แวร์ระเบิดชีวภาพที่ใช้กันแพร่หลายมากที่สุดแห่งหนึ่งได้รับการพัฒนาขึ้นในปีพ. ศ. 2533 และนับตั้งแต่นั้นเป็นต้นมามีให้บริการแก่ทุกคนในไซต์ NCBI ซอฟต์แวร์นี้สามารถเข้าถึงได้โดยคนใดคนหนึ่งและสามารถแก้ไขได้ตามที่ต้องการ Blast เป็นซอฟต์แวร์ที่ข้อมูลอินพุทของลำดับที่จะเปรียบเทียบอยู่ในรูปแบบ Fasta และข้อมูลขาออกสามารถหาได้ในรูปแบบ HTML, HTML หรือ XML ระเบิดทำงานบนหลักการของการค้นหาความคล้ายคลึงกันระหว่างสองลำดับและหลังจากสั้นรายการลำดับที่คล้ายคลึงกันมันค้นหาความคล้ายคลึงกันใกล้เคียง ซอฟต์แวร์จะค้นหาพื้นที่ในท้องถิ่นที่ใกล้เคียงกันจำนวนมากและให้ผลลัพธ์ตามที่กำหนดไว้ กระบวนการนี้แตกต่างจากซอฟต์แวร์ก่อนหน้าที่ค้นหาทั้งลำดับและเปรียบเทียบซึ่งใช้เวลามาก ระเบิดถูกนำมาใช้เพื่อวัตถุประสงค์หลายอย่างเช่นการทำแผนที่ดีเอ็นเอเปรียบเทียบยีนที่เหมือนกันสองชนิดในแต่ละชนิดสร้างต้นไม้วิวัฒนาการ
Fasta Fasta โปรแกรมเขียนขึ้นเมื่อปีพ. ศ. 2528 เพื่อเปรียบเทียบลำดับโปรตีนเท่านั้น แต่ภายหลังได้ดัดแปลงเพื่อทำการค้นหา DNA ด้วยเช่นกัน ซอฟต์แวร์ Fasta ใช้หลักการของการค้นหาความคล้ายคลึงกันระหว่างสองลำดับข้อมูลทางสถิติ ซอฟต์แวร์นี้ตรงกับดีเอ็นเอหรือโปรตีนลำดับหนึ่งโดยใช้วิธีการจัดตำแหน่งลำดับท้องถิ่น จะค้นหาพื้นที่ในประเทศสำหรับความเหมือนกันและไม่ตรงกับลำดับที่ดีที่สุด เนื่องจากซอฟต์แวร์นี้เปรียบเทียบความคล้ายคลึงที่แปลเป็นภาษาท้องถิ่นในบางครั้งอาจเกิดขึ้นไม่ตรงกัน ลำดับที่ Fasta ใช้เป็นส่วนเล็ก ๆ ที่เรียกว่า k-tuples ซึ่ง tuple อาจมีค่าตั้งแต่ 1 ถึง 6 และตรงกับ k-tuples ของ sequence อื่น ๆ และเมื่อค่า threshold จับคู่มาถึงผลลัพธ์จะเกิดขึ้น เป็นโปรแกรมที่ใช้ในการคัดเลือกโอกาสในการจับคู่ลำดับจากจำนวนมากเพื่อการเปรียบเทียบแบบเต็มรูปแบบเนื่องจากรวดเร็วมากสรุป:
Blast และ Fasta
